O setor médico prioriza as áreas neurológicas e psiquiátricas no atendimento dos educandos da APAE de Blumenau, com o objetivo de prevenir e tratar o distúrbio do desenvolvimento neuromotor e psíquico.
Atualmente, a APAE de Blumenau conta com atendimento de psiquiatria, realizando consultas, emissão de receitas e atualização de laudos conforme demanda espontânea e ainda por meio de solicitação de profissionais da equipe interdisciplinar.