O setor de Psicologia da APAE de Blumenau realiza avaliação psicológica, atendimentos psicológicos individuais ou em grupo (conforme as necessidades específicas de cada caso); desempenha orientação psicológica para as famílias e professores, o que favorece o desenvolvimento nos aspectos afetivos e cognitivos, aumenta a qualidade de vida e constrói possibilidades de inserção no meio social.
Os psicólogos efetuam acompanhamento dos transtornos nas áreas: intelectual, emocional e comportamental dos educandos. Os profissionais estimulam o desenvolvimento das capacidades do indivíduo considerando suas potencialidades e conscientizando-o de suas reais possibilidades; estimulam também a maior independência possível nas diferentes esferas da sua vida; além de atuarem no processo de triagem e avaliação diagnóstica para inserção do assistido na entidade.